Ha dirigido el Núcleo Milenio Centro de Investigación de la Web, RIBIDI (proyecto iberoamericano financiado por CYTED), y proyectos financiados por Yahoo! Research y Google. Actualmente participa del Núcleo Milenio Información y Coordinación en Redes, y del Centro Basal de Biotecnología y Bioingeniería.
Ha sido PC (co-)chair de varias conferencias: SPIRE 2001, SCCC 2004, SPIRE 2005, SIGIR 2005 Posters, IFIP TCS 2006, un track de ENC 2007, SISAP 2008 SISAP 2012, LATIN 2016, SPIRE 2018, CPM 2018 y ESA B 2022. Fue co-creador de SISAP el 2008, y miembro del Steering Committee de SPIRE, LATIN, SISAP y ESA (presente). Es Editor en Jefe del ACM Journal of Experimental Algorithmics y miembro del Editorial Board de Information Systems. Fue guest editor de special issues en ACM SIGSPATIAL, Journal of Discrete Algorithmics, Information Systems y Algorithmica. Ha sido miembro del PC de más de 50 conferencias internacionales y revisor en unos 40 journals internacionales. Ha dado unas 50 charlas invitadas en varias universidades y congresos internacionales, incluyendo 12 conferencias plenarias y 5 tutoriales en congresos internacionales. Creó en 2005 el Workshop on Compression, Text, and Algorithms, que se ha convertido en un satélite permanente de SPIRE.
Ha sido coautor de dos libros publicados por Cambridge University Press, unos 25 capítulos de libros, 8 proceedings de congresos internacionales (editor), más de 180 papers en journals internacionales, y más de 260 en congresos internacionales. Es uno de los autores más prolíficos y citados en Latinoamérica.
Ha recibido 7 Best Paper Awards en congresos, 4 Google Research awards, un Highest Cited Paper Award de Elsevier, y un Award Scopus Chile. Es un ACM Fellow.
Ha guiado a 8 postdocs, 21 alumnos de doctorado, 17 de magíster y 28 de ingeniería.